Nasza szkoła należy do najstarszych szkół niepublicznych w Polsce. Rozpoczęła działalność 1 września 1989, dzięki decyzji Ministra Edukacji Narodowej z dnia 22 czerwca 1989 zezwalającej na prowadzenie przez Społeczne Towarzystwo Oświatowe szkoły podstawowej dla dzieci z dzielnicy Podgórze. W pierwszym roku szkolnym ruszyła zerówka i klasa pierwsza. Szkoła rozpoczęła działalność pod adresem ul. Aleksandry 1. Początki były, jak to często bywa, bardzo trudne. W roku szkolnym 1990/91 rozwijająca się szkoła znalazła dla siebie miejsce w Bieżanowie-Kolonii, gdzie zaadaptowano opuszczony dom. Część wyposażenia pozyskano dzięki nawiązaniu kontaktu ze szkołą w Szwecji.

Trzeci rok działalności szkoły (1991/92) znów rozpoczął się od przeprowadzki. W kronice szkolnej zanotowano wtedy: „mamy nadzieję, że tym razem na dłużej tu zostaniemy”. I tak się stało – zostaliśmy naprawdę na dłużej, bo do dnia dzisiejszego szkoła funkcjonuje w nowoczesnym, przestronnym budynku przy parafii Miłosierdzia Bożego w Krakowie – Nowym Prokocimiu. Pierwsi absolwenci – uczniowie klasy ósmej opuścili mury szkoły w czerwcu 1998. Od roku szkolnego 2001/2002 działa Społeczne Gimnazjum nr 5 STO, a szkoła przekształciła się w Zespół Szkół Społecznych nr 5 STO.

W ciągu ponad 25 lat działalności szkoła stale rozwija się. Staramy się dbać nie tylko o wysoki poziom nauczania, ale i o wszechstronny rozwój zdolności i zainteresowań uczniów. Szkoła może poszczycić się laureatami wojewódzkich olimpiad przedmiotowych (język angielski, fizyka, matematyka). Nasi uczniowie z powodzeniem biorą też udział w Ogólnopolskim Konkursie Matematyczno – Logicznym Szkół STO „Łamigłowy”i innych konkursach szkolnych i pozaszkolnych. Osiągają także bardzo wysokie wyniki na sprawdzianie w klasie szóstej i egzaminie w klasie trzeciej gimnazjum.

Nasi uczniowie z sukcesami brali udział w rozgrywkach sportowych na szczeblu miejskim i krajowym m.in. Mistrzostwach Sportowych Szkół Niepublicznych Krakowa, Mistrzostwach Polski w Pływaniu Szkół Podstawowych STO, Mistrzostwach Polski w Halowej Piłce Nożnej. Co roku zimą uczniowie wyjeżdżają na „Białą Szkołę”, gdzie doskonalą umiejętność jazdy na nartach, a jesienią na obozy językowe zarówno w Polsce jak i za granicą, których celem jest doskonalenie sprawności posługiwania się językami obcymi.

Dwukrotnie zorganizowaliśmy Międzyszkolny Konkurs Informatyczno-Graficzny dla uczniów szkół podstawowych. Od roku 2005 organizujemy Międzyszkolny Konkurs Poezji Anglojęzycznej dla uczniów szkół podstawowych oraz Międzyszkolny Konkurs Matematyczny dla uczniów klas drugich „Storczyk”. Wydaliśmy tomik poezji autorstwa naszych uczniów „Marzenia są bezcenne”. Na wiosnę obchodzimy Dzień Ziemi połączony z warsztatami ekologicznymi. W szkole regularnie odbywają się wystawy prac plastycznych, które są również prezentowane na konkursach pozaszkolnych. Każdy rok szkolny urozmaicają liczne, tradycyjnie organizowane imprezy, takie jak „Kiermasz Jesienny”, wigilie klasowe, Dzień Babci i Dziadka, Dzień Rodziny. Organizujemy także liczne imprezy cykliczne – Dzień Edukacji Europejskiej, Szkolny Dzień Talentów, Dzień Nauki. Staramy się, aby nasi uczniowie czuli się w szkole dobrze i oprócz wiedzy i wykształcenia zdobywali wszystkie kompetencje pozwalające funkcjonować im we współczesnym świecie.